Το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο ενέκρινε πρόταση της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων, σύμφωνα με την οποία θα πραγματοποιηθούν δοκιμαστικές ανασκαφικές τομές σε θαλάσσιες περιοχές του ναυαγίου με πυκνή κεραμική, αλλά και με έντονα σήματα μεταλλικών στόχων, καθώς και σε σημεία όπου υπάρχουν ενδείξεις για ένα ίσως και δύο ναυάγια.
Οι πρόσφατες έρευνες στην περιοχή του ναυαγίου των Αντικυθήρων ξεκίνησαν από την Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων, σε συνεργασία με το αμερικάνικο ωκεανογραφικό ινστιτούτο Woods Hole, το 2012.
Τότε εντοπίστηκαν και ανελκύστηκαν, μεταξύ άλλων, ένας στύπος (τμήμα άγκυρας) και ο σύνδεσμος μολύβδινης ρωμαϊκής άγκυρας, ενώ η έρευνα του 2013 είχε ως αποτέλεσμα τη λεπτομερή βυθομετρική χαρτογράφηση του νησιού και της θέσης του ναυαγίου, προκειμένου να διαπιστωθεί η πιθανή ύπαρξη και δεύτερου ρωμαϊκού ναυαγίου δίπλα στο αρχικό.
Από την έρευνα αυτή, ανελκύστηκαν, μεταξύ άλλων, μία άγκυρα, ένας κέραμος κι ένας αμφορέας, ενώ το 2014 αποτυπώθηκε σε τρισδιάστατη ψηφιακή μορφή η θέση του ναυαγίου. Τότε εντοπίστηκαν και ανελκύστηκαν, μεταξύ άλλων, δύο τμήματα από διακόσμηση κλίνης, ένα χάλκινο δόρυ με συμπαγές στέλεχος και σαυρωτήρα.
Όπως σημειώθηκε στο ΚΑΣ, η συνεργασία της αρμόδιας Εφορείας με το αμερικανικό ινστιτούτο είναι ιδιαίτερα σημαντική λόγω της κατάλληλης τεχνικής υποδομής του τελευταίου, που επιτρέπει την έρευνα σε μεγάλα βάθη, ενώ στη διάθεσή του βρίσκεται και το ρομποτικό σκάφανδρο Exosuit που χρησιμοποιείται στις καταδύσεις και το οποίο μπορεί να καταδυθεί σε βάθος μέχρι και 300 μ., χωρίς την απαιτούμενη αποσυμπίεση.
Τη διεύθυνση της έρευνας έχει η δρ Αγγελική Σίμωσι, προϊσταμένη της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων, ενώ συνεργάτες της από πλευράς Εφορείας είναι οι επιστημονικοί υπεύθυνοι, αρχαιολόγοι δρ Θ. Θεοδούλου και δρ Δ. Κουρκουμέλης και από πλευράς Woods Hole, ο αρχαιολόγος-τεχνολόγος δρ Μπρένταν Φόλεϊ.